Merge branch 'master' of https://github.com/g7fernandes/molecular_dyn…

…amics

lennard.f90

@@ -5451,6 +5451,8 @@ program main
     if (wall(1:2) == 'pp' .or. wall(3:4) == 'pp') then 
         allocate(mic(N,2),mic_trf(2*N))
         mic = 0
+    else
+        allocate(mic(1,2),mic_trf(2*1))
     end if
 
     ! allocate(nxv(N*5),nxv_send(N*5))

settings.ini

@@ -4,14 +4,14 @@
 # Argonio: epsilon/kb = 120K, sigma = 0.341nm 
 [global]
     nimpre  = 200 # quntidade de saidas 
-    N = 8  # número de partículas 
+    N = 1009  # número de partículas 
     Ntype = 2 # número de tipos de partícula
-    t_fim = 100  # tempo de execução 
+    t_fim = 50  # tempo de execução 
     nimpre_init = 0 # começa a simular a partir no tempo referente ao snapshot (nimpre). 
-    dt = 0.0001 # passo de tempo
-    dimX = 600 # Dimensões da região de cálculo
-    dimY = 600 #
-    mesh = 1 1 # 300 60 # malha(elementos)
+    dt = 0.00005 # passo de tempo
+    dimX = 100 # Dimensões da região de cálculo
+    dimY = 100 #
+    mesh = 10 10 # 300 60 # malha(elementos)
     rcut = 3 # *sigma
     wall = 'eeee' # condição Elastica ou Periodica nas paredes norte, sul, leste, oeste
     termostato_nose_hoover = .false. #liga termostato Nose Hoover. Este funciona durante toda execução.
@@ -24,7 +24,7 @@
     Td_hot = 2 # temperatura nas cold cells constante. Td_hot = -1 desliga termostato
     Td_cold = 0.8 # v = sqrt(2*T) temperatura nas hot cells constante. Td_cold = -1 desliga termostato
     force_lingradT = -1 # (NUMERO MULTIPLO DE 4 RECOMENDADO!) se > 0 irá dividir região no numero de subregiões entradas na direação X e será forçado um gradiente de temperatura linear. A região dos banhos será ignorada. A temperatura será controlado por um termostato velocity scaling
-    vd = 0 0 # velocidade distribuida com Maxwell Boltzmann = sqrt(Td') 
+    vd = 2 2 # velocidade distribuida com Maxwell Boltzmann = sqrt(Td') 
     NMPT = 1000 # Número máximo de partículas que poderá mudar de process. Se não souber estimar, usar -1 ou o valor de N.
     GField = 0 0 # Campo de força gravitacional que afeta todas as partículas
     MField = 0 0 0 0 0 # Campo magnético vezes momento dipolo da particula magnética Hm. O primeiro numero número é a intensidade de m*H. O segundo e terceiro numeros são a direção do campo.. Os últimos dois números são a e b na função seno e heaviside de controlam o campo no tempo. Hm = H*m*sin(b*t)*heaviside(x-a)
@@ -36,33 +36,33 @@
 # pr = constantes [A, B, alpha, beta] do lennard jones rugoso que simulará um cristal de atomos. Se o valor for dado, a particula poderá girar. 
 #      o grupo com pr deve ser o último e deverá haver apenas um. Ver em rot_par.py como será o potencial
 [par_0]
-    x = 'mole.csv' 
-    v = 5 0 # velocidade global
+    x = 'molp.csv' 
+    v = 0 0 # velocidade global
     v_file = '%%v_file_0.csv' # velocidade de cada partícula
     m = 1
     nome = 'g1'
     sigma = 1 # Lennard Jones
     epsilon = 1 # Lennard Jones
-    quantidade = 7
+    quantidade = 1000
     x_lockdelay = 0 # só vai poder mudar de posição a partir de t = x_lockdelay
     rs = 0 # raio sólido. Posição de partículas na superfície de um sólido de raio rs
     fric_term = 0 # fricção artifical não funciona quando o termostato nose hoover está ligado
     ismolecule = .true.			
 [par_1]
-    x = 'parti.csv' 
+    x = 'parp.csv' 
     v = 0 0 # velocidade global
     v_file = '%%v_file_1.csv' # velocidade de cada partícula
     m = 10
     nome = 'g2'
-    sigma = 0.94 # Lennard Jones
-    epsilon = 0.428 # Lennard Jones
-    quantidade = 1
+    sigma = 1 # Lennard Jones
+    epsilon = 1 # Lennard Jones
+    quantidade = 9
     x_lockdelay = 0 # só vai poder mudar de posição a partir de t = x_lockdelay
     rs = 5 # raio sólido. Posição de partículas na superfície de um sólido de raio rs
     fric_term = 0 # fricção artifical	
     ismolecule = .false.
-    pr = 0.1 0.1 20 20 0.071847 # constantes [A, B, alpha, beta, ph] do lennard jones rugoso que simulará um cristal de atomos 43.72584 43.72584
-
+    pr = 0 0.001 20 20 0.071847 # constantes [A, B, alpha, beta, ph] do lennard jones rugoso que simulará um cristal de atomos 43.72584 43.72584
+#
 #[par_2]
 #    x = 'p_g.csv'
 #    v = 0 0

verify_settings.py

@@ -65,8 +65,8 @@ def file_len(fname):
         x_file = x_file.replace("'","")
         x_file = x_file.replace('"','')
         if os.path.isfile(x_file):
-            q = config['par_'+str(i)]['quantidade'].split()[0]
-            if file_len('x_file') < q:
+            q = int(config['par_'+str(i)]['quantidade'].split()[0])
+            if file_len(x_file) < q:
                 print('Number of particles in file smaller then expected.')
                 os.system('xdg-open settings.ini')
                 break
@@ -82,20 +82,22 @@ def file_len(fname):
         v_file = config['par_'+str(i)]['v_file'].split()[0]
         v_file = v_file.replace("'","")
         v_file = v_file.replace('"','')
-        if v_file[0] == '%' or os.path.isfile(x_file):
-            q = config['par_'+str(i)]['quantidade'].split()[0]
-            if file_len('v_file') < q:
-                print('Number of particles in file smaller then expected.')
+
+        if v_file[0] != '%': 
+            if os.path.isfile(v_file):
+                q = config['par_'+str(i)]['quantidade'].split()[0]
+                if file_len(v_file) < int(q):
+                    print('Number of particles in file smaller then expected.')
+                    os.system('xdg-open settings.ini')
+                    break
+                else:
+                    aux = False
+            else:
+                print("Velocity file {} not found.".format(v_file))
                 os.system('xdg-open settings.ini')
+                input("Fix the config file, then enter to continue...")
+                config.read('settings.ini')
                 break
-            else:
-                aux = False
-        else:
-            print("Velocity file {} not found.".format(v_file))
-            os.system('xdg-open settings.ini')
-            input("Fix the config file, then enter to continue...")
-            config.read('settings.ini')
-            break
 
 
 if sum(quant) != N: