Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request #3 from steffilazerte/dev
Browse files Browse the repository at this point in the history 
Update tests and to tidyr v1.0.0
  • Loading branch information
@steffilazerte
steffilazerte authored Jan 24, 2020
2 parents 0fd815f + 6dff544 commit 83e2fd8
Show file tree
Hide file tree
Showing 22 changed files with 30,537 additions and 4,059 deletions.
4 changes: 2 additions & 2 deletions DESCRIPTION
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
Package: LITAP
Type: Package
Title: Landscape Integrated Terrain Analysis Package
Version: 0.3.0
Version: 0.3.1
Authors@R: c(
person("Steffi", "LaZerte", email = "[email protected]", role = c("aut","cre")))
Description: Flow analysis of elevation data including pit removal.
Expand All @@ -25,7 +25,7 @@ Imports:
rmarkdown (>= 1.5),
stringr (>= 1.2.0),
tibble (>= 2.1.3),
tidyr (>= 0.8.0)
tidyr (>= 1.0.0)
Suggests:
foreign (>= 0.8.67),
knitr,
Expand Down
4 changes: 4 additions & 0 deletions NEWS.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,3 +1,7 @@
# LITAP 0.3.1 (2020-01-24)

- Update to `tidyr` v1.0.0

# LITAP 0.3.0 (2019-07-11)

- Added `form_mapper()` which mimics FormMapR
Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion R/calc_shed.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -73,7 +73,7 @@ calc_upslopes <- function(db, type = c("upslope", "elev_diff")) {
# Calculate upslope flow for each cell by watershed
db %>%
dplyr::arrange(dplyr::desc(elev), seqno) %>%
tidyr::nest(-shedno, .key = "db_w") %>%
tidyr::nest(db_w = c(-shedno)) %>%
dplyr::mutate(db_w = purrr::map2(db_w, shedno,
~get_upslope3(.x, .y[1], type = type))) %>%
tidyr::unnest(db_w) %>%
Expand Down
3 changes: 3 additions & 0 deletions R/form_mapper.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -166,6 +166,9 @@ form_mapper <- function(folder, grid, str_val = 10000, ridge_val = 10000,
# Save output -------------------------------------------------------------
task <- "saving output"
announce(task, quiet)

db <- dplyr::select(db, -data)

save_output(out_locs, out_format,
which = c("weti", "relief", "length"),
where = "form", add_db = db)
Expand Down
8 changes: 4 additions & 4 deletions R/functions.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -437,22 +437,22 @@ divide <- function(db, size = 12){
db_group1 <- db %>%
dplyr::select(group1, seqno, elev) %>%
dplyr::group_by(group1) %>%
tidyr::nest(.key = "db_sub1")
tidyr::nest(db_sub1 = tidyr::everything())

db_group2 <- db %>%
dplyr::select(group2, seqno, elev) %>%
dplyr::group_by(group2) %>%
tidyr::nest(.key = "db_sub2")
tidyr::nest(db_sub2 = tidyr::everything())

db_group3 <- db %>%
dplyr::select(group3, seqno, elev) %>%
dplyr::group_by(group3) %>%
tidyr::nest(.key = "db_sub3")
tidyr::nest(db_sub3 = tidyr::everything())

db_group4 <- db %>%
dplyr::select(group4, seqno, elev) %>%
dplyr::group_by(group4) %>%
tidyr::nest(.key = "db_sub4")
tidyr::nest(db_sub4 = tidyr::everything())

db_test <- db %>%
dplyr::left_join(db_group1, by = "group1") %>%
Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion R/pit_stat_fast.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -154,7 +154,7 @@ calc_vol2fl <- function(db, i_stats, verbose) {
vol <- vol %>%
dplyr::right_join(dplyr::select(i_stats, shedno, pour_elev, shed_area), #add stats
by = "shedno") %>%
tidyr::nest(-shedno) %>%
tidyr::nest(data = c(-shedno)) %>%
dplyr::mutate(vol = purrr::map(data, vol2fl, verbose = verbose)) %>%
tidyr::unnest(vol)

Expand Down
3 changes: 3 additions & 0 deletions R/read_write.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -16,9 +16,12 @@ save_output <- function(locs, out_format,

if(name %in% c("fill", "ilocal", "form", "weti", "relief", "length")) {
if("db" %in% names(data)) db <- data$db else db <- data
if("data" %in% names(db)) db <- dplyr::select(db, -data)

if(!is.null(add_db)) {
suppressMessages(db <- dplyr::left_join(db, add_db))
}

save_shed(locs[[where]], db,
paste0("dem_", name, ".", out_format), clean = TRUE)
}
Expand Down
1,520 changes: 760 additions & 760 deletions tests/testthat/ref/test_calc_length
View file

Large diffs are not rendered by default.

112 changes: 56 additions & 56 deletions tests/testthat/ref/test_calc_relz
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -5,20 +5,20 @@
153 153 12 3 99.5782 0.2730 7 146 12 3
154 154 12 3 99.5782 0.3455 8 146 12 3
155 155 12 3 99.5782 0.4218 9 146 12 3
156 156 12 13 NA NA 0 NA NA NA
157 157 13 1 NA NA 0 NA NA NA
158 158 13 2 NA NA 0 NA NA NA
159 159 13 3 NA NA 0 NA NA NA
160 160 13 4 NA NA 0 NA NA NA
161 161 13 5 NA NA 0 NA NA NA
162 162 13 6 NA NA 0 NA NA NA
163 163 13 7 NA NA 0 NA NA NA
164 164 13 8 NA NA 0 NA NA NA
165 165 13 9 NA NA 0 NA NA NA
166 166 13 10 NA NA 0 NA NA NA
167 167 13 11 NA NA 0 NA NA NA
168 168 13 12 NA NA 0 NA NA NA
169 169 13 13 NA NA 0 NA NA NA
156 156 NA NA NA NA NA NA NA NA
157 157 NA NA NA NA NA NA NA NA
158 158 NA NA NA NA NA NA NA NA
159 159 NA NA NA NA NA NA NA NA
160 160 NA NA NA NA NA NA NA NA
161 161 NA NA NA NA NA NA NA NA
162 162 NA NA NA NA NA NA NA NA
163 163 NA NA NA NA NA NA NA NA
164 164 NA NA NA NA NA NA NA NA
165 165 NA NA NA NA NA NA NA NA
166 166 NA NA NA NA NA NA NA NA
167 167 NA NA NA NA NA NA NA NA
168 168 NA NA NA NA NA NA NA NA
169 169 NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Expand Down Expand Up @@ -357,20 +357,20 @@ NA.330 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
153 99.5782 0.2730 7 3 12 100.4218 0.5706 9 38
154 99.5782 0.3455 8 3 12 100.4218 0.4981 9 38
155 99.5782 0.4218 9 3 12 100.4218 0.4218 9 38
156 NA NA 0 12 13 NA NA 0 NA
157 NA NA 0 13 1 NA NA 0 NA
158 NA NA 0 13 2 NA NA 0 NA
159 NA NA 0 13 3 NA NA 0 NA
160 NA NA 0 13 4 NA NA 0 NA
161 NA NA 0 13 5 NA NA 0 NA
162 NA NA 0 13 6 NA NA 0 NA
163 NA NA 0 13 7 NA NA 0 NA
164 NA NA 0 13 8 NA NA 0 NA
165 NA NA 0 13 9 NA NA 0 NA
166 NA NA 0 13 10 NA NA 0 NA
167 NA NA 0 13 11 NA NA 0 NA
168 NA NA 0 13 12 NA NA 0 NA
169 NA NA 0 13 13 NA NA 0 NA
156 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
157 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
158 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
159 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
160 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
161 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
162 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
163 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
164 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
165 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
166 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
167 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
168 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
169 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Expand Down Expand Up @@ -709,20 +709,20 @@ NA.330 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
153 3 12 100.4218 0.5706 9 99.8512 12 10 FALSE
154 3 12 100.4218 0.4981 9 99.9237 12 11 FALSE
155 3 12 100.4218 0.4218 9 100.0000 12 12 FALSE
156 NA NA NA NA 0 NA 12 13 TRUE
157 NA NA NA NA 0 NA 13 1 TRUE
158 NA NA NA NA 0 NA 13 2 TRUE
159 NA NA NA NA 0 NA 13 3 TRUE
160 NA NA NA NA 0 NA 13 4 TRUE
161 NA NA NA NA 0 NA 13 5 TRUE
162 NA NA NA NA 0 NA 13 6 TRUE
163 NA NA NA NA 0 NA 13 7 TRUE
164 NA NA NA NA 0 NA 13 8 TRUE
165 NA NA NA NA 0 NA 13 9 TRUE
166 NA NA NA NA 0 NA 13 10 TRUE
167 NA NA NA NA 0 NA 13 11 TRUE
168 NA NA NA NA 0 NA 13 12 TRUE
169 NA NA NA NA 0 NA 13 13 TRUE
156 NA NA NA NA NA NA 12 13 TRUE
157 NA NA NA NA NA NA 13 1 TRUE
158 NA NA NA NA NA NA 13 2 TRUE
159 NA NA NA NA NA NA 13 3 TRUE
160 NA NA NA NA NA NA 13 4 TRUE
161 NA NA NA NA NA NA 13 5 TRUE
162 NA NA NA NA NA NA 13 6 TRUE
163 NA NA NA NA NA NA 13 7 TRUE
164 NA NA NA NA NA NA 13 8 TRUE
165 NA NA NA NA NA NA 13 9 TRUE
166 NA NA NA NA NA NA 13 10 TRUE
167 NA NA NA NA NA NA 13 11 TRUE
168 NA NA NA NA NA NA 13 12 TRUE
169 NA NA NA NA NA NA 13 13 TRUE
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Expand Down Expand Up @@ -1413,20 +1413,20 @@ NA.330 NA NA NA NA NA NA NA
153 0.8436 0.5706 0.8436 16 32 32 32 43
154 0.8436 0.4981 0.8436 17 40 40 40 47
155 0.8436 0.4218 0.8436 18 50 50 50 50
156 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
157 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
158 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
159 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
160 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
161 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
162 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
163 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
164 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
165 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
166 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
167 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
168 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
169 NA NA NA 0 NA NA NA NaN
156 NA NA NA NA NA NA NA NA
157 NA NA NA NA NA NA NA NA
158 NA NA NA NA NA NA NA NA
159 NA NA NA NA NA NA NA NA
160 NA NA NA NA NA NA NA NA
161 NA NA NA NA NA NA NA NA
162 NA NA NA NA NA NA NA NA
163 NA NA NA NA NA NA NA NA
164 NA NA NA NA NA NA NA NA
165 NA NA NA NA NA NA NA NA
166 NA NA NA NA NA NA NA NA
167 NA NA NA NA NA NA NA NA
168 NA NA NA NA NA NA NA NA
169 NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
NA.2 NA NA NA NA NA NA NA NA
Expand Down
Loading

0 comments on commit 83e2fd8

Please sign in to comment.