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Copy pathmkfastafile.R
51 lines (47 loc) · 3 KB
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mkfastafile.R
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#MK FASTA
#Create FASTA FILES and FILE WITH UNIQUE ID for BLAST.
#PLEASE FILL THE FOLLOWING
python_exe <- ""
inputCSV_file_path <- ""
output_path <- ""
output_name <- ""
row_where_header_starts <- ""
row_where_data_starts <- ""
sequence_column <- ""
#### DO NOT MODIFY ANYTHING BELOW HERE#################
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#TestingPyCharm_Mkfasta.py
python_command_line_TestingPyCharm_Mkfasta <- paste(
python_exe,
"TestingPyCharm_Mkfasta.py",
"-a", inputCSV_file_path,
"-b", output_path,
"-c", output_name,
"-d", row_where_header_starts,
"-e", row_where_data_starts,
"-f", sequence_column
)
system(python_command_line_TestingPyCharm_Mkfasta)